Влітку 2013 р. ВЕЛ представила свою позицію щодо використання генетично модифікованих організмів в Україні, згідно якої ВЕЛ вважає за необхідне:

– створити незалежну від виробника державну систему контролю за наявністю ГМО та продуктів їх переробки у сільськогосподарській сировині, продуктах харчування та кормах як вітчизняного, так і зарубіжного походження;

– гармонізувати національне законодавство з відповідним законодавством ЄС, оскільки це є необхідною умовою для успішного просування органічної продукції сільського господарства та харчової промисловості на європейський ринок.

Всеукраїнська екологічна ліга виступає за повну заборону використання ГМО в продуктах харчування та вирощування ГМ-рослин в Україні.